Jak zainstalować dodatkowe pakiety?

Po zainstalowaniu podstawowego środowiska R mamy już dostęp do wielu użytecznych funkcjonalności. Prawdziwa potęga kryje się jednak w tysiącach dodatkowych pakietów, w których znajdują się kolejne tysiące funkcji.

Aby skorzystać z dodatkowych pakietów należy wykonać dwa kroki:

1. Zainstalować nowy pakiet na dysku. Ten krok wystarczy wykonać raz, skopiuje on niezbędne pliki do katalogu z pakietami. Ścieżkę do katalogu z pakietami można sprawdzić używając polecenia .libPaths().
   1. Włączyć zainstalowany pakiet w działającej sesji R. Ten krok należy wykonać po każdym uruchomieniu środowiska R. Spowoduje on, że w aktualnej sesji będzie można korzystać z funkcji i zbiorów danych dostępnych w pakiecie.

Instalować pakiety można na kilka sposobów, zależnie od tego czy instalujemy pakiet z pliku czy też z jednego z ogólnie dostępnych repozytoriów. Najczęściej pakiety instaluje się z oficjalnego repozytorium CRAN (ang. The Comprehensive R Archive Network). To można zrobić funkcją install.packages().

Przykładowo, poniższe polecenie instaluje pakiet ggplot2 wraz z pakietami zależnymi, bezpośrednio z repozytorium CRAN. Pakiet ggplot2 zawiera zbiór funkcji do tworzenia wykresów statystycznych, jest to bardzo popularny pakiet a jednak nie ma go w podstawowym środowisku i musimy go na początku doinstalować.

install.packages("ggplot2")

Nowy pakiet można też zainstalować wybierając z menu opcję Tools/Install packages....

Niektórych pakietów nie ma w repozytorium CRAN, lub są w starszej wersji. Przykładowo, jeden z wymogów stawianych przed pakietami na CRAN jest ograniczenie wielkości pakietu do nie więcej niż 10 MB. Większe pakiety oraz pakiety w wersjach roboczych są często instalowane z repozytorium GitHub. Do instalacji pakietów z tego repozytorium można wykorzystać funkcję install_github{devtools}.

Przykładowo, aby zainstalować pakiet PogromcyDanych z repozytorium użytkownika pbiecek z GitHuba można wykorzystać instrukcję

devtools::install_github("pbiecek/PogromcyDanych")

Poza tymi dwoma repozytoriami istnieje też wiele innych specjalistycznych. Przykładowo wiele pakietów wykorzystywanych w analizach bioinformatycznych znajduje się w repozytorium Bioconductor (https://www.bioconductor.org/).

Po zainstalowaniu nowego pakietu, pliki z danymi, funkcjami i plikami pomocy znajdą się na dysku twardym komputera. Ale aby móc skorzystać z wybranych funkcji należy przed pierwszym użyciem załadować (włączyć) odpowiedni pakiet. Po każdym uruchomieniu platformy R ładowane są pakiety podstawowe takie jak: base, graphics, stats, itp. Aby skorzystać z dodatkowych funkcji lub zbiorów danych, należy załadować (włączyć) pakiet, w którym się one znajdują (zakładamy, że pakiety te zostały już zainstalowane). Pakiety włącza się poleceniem library().

Poniższa instrukcja włącza pakiet devtools. Po włączeniu pakietu można używać funkcji z tego pakietu bez konieczności dodawania prefixu devtools::.

library("devtools")

Jak już pisaliśmy, aktualnie dostępnych jest ponad 7000 pakietów, które możemy dodatkowo zainstalować. W tak dużym zbiorze trudno czasem odnaleźć pakiet z interesującą nas funkcjonalnością.

Dlatego, przedstawiając nowe funkcje będziemy korzystać z notacji nazwaPakietu::nazwaFunkcji(). Zapis ggplot2::qplot() oznacza, że funkcja qplot() znajduje się w pakiecie ggplot2. Ten prefix pomijamy dla pakietów base, stats, utils i graphics, których nie trzeba dodatkowo włączać, są automatycznie włączane z chwilą startu środowiska R. W skorowidzu, znajdującym się na końcu książki, funkcje są wymienione zarówno w kolejności alfabetycznej jak i po pogrupowaniu w pakiety.

Jeżeli znamy nazwę funkcji i chcemy dowiedzieć się w jakim pakiecie ta funkcja się znajduje a nie mamy tej książki pod ręką, to możemy wykorzystać funkcją help.search(). Przeszuka ona wszystkie zainstalowane pakiety w poszukiwaniu funkcji o wskazanej nazwie lub funkcji, w których opisie wystąpiło zadane słowo kluczowe. Więcej o tej funkcji i innych sposobach wyszukiwania informacji o funkcjach napiszemy w kolejnym podrozdziale.

Po załadowaniu odpowiedniego pakietu możemy korzystać z dostępnych w nim funkcji podając ich nazwę. Możemy też ręcznie wskazać, z którego pakietu funkcję chcemy uruchomić, co jest przydatne, gdy funkcje o identycznych nazwach znajdują się w kilku załadowanych pakietach. Przykładowo zarówno w pakiecie epitools jak i vcd znajduje się funkcja oddsratio() o tej samej nazwie ale innym działaniu. Aby wskazać, z którego pakietu chcemy wybrać funkcję należy użyć operatora :: lub :::.

Operator :: pozwala na odnoszenie się wyłącznie do publicznych funkcji z pakietu, podczas gdy operator ::: umożliwia odnoszenie się również do funkcji prywatnych.

Oba poniższe wywołania dotyczą funkcji seq() z pakietu base, drugi sposób jest szczególnie przydatny, gdy występuje kolizja nazw funkcji z różnych pakietów.

seq(10)
base::seq(10)

Jeżeli nie użyjemy tego operatora, a funkcja o danej nazwie występuje w kilku różnych pakietów, to program R użyje funkcji z ostatnio załadowanego pakietu.